SAM (формат файла) – Słupy Małe

Proktosedil M şamı
Ağrını azaldır, qaşınmanı götürür. Tərkibində geniş spektrli antibiotik mövcuddur, kapilyar kövrəkliyini azaldır. Kompleks dərman preparatı olmasına baxmayaraq, kifayət qədər əks göstərişi və əlavə təsirləri mövcuddur. Həkim məsləhəti olmadan ondan istifadə etmək olmaz. Hamilələr və uşaqlara əks göstərişdir.

Babasil şamı

Babasil şamı hemorroyun müalicəsində istifadə olunan əvəzedilməz vasitələrdən biridir. Onlar tərkib və təsir mexanizmlərinə görə fərqlənirlər. Aşağıdaki nümunələrdə bu məsələyə aydınlıq gətirək.

Natalsid
Şamın tərkibinə qəhvəyi dəniz yosunlarından alınan natrium alginat daxildir. Natalsid hətta hamiləlikdə babasil xəstəliyi zamanı təyin edilən təhlükəsiz vasitələrdəndir. İltihabəleyhinə, hemostatik (qanaxmanı dayandıran), bərpaedici təsirlərə malikdir.

Propolis DN
Şamın tərkibinə kakao yağı, lanolin, propolis daxildir. Babasilin kompleks müalicəsində istifadə edilir. İltihabəleyhinə təsirə malikdir. Qaşınmanı, göynəməni götürür. Hamilə qadınlara da təyin oluna bilər. Lakin bu şamın bir sıra əks-göstərişləri mövcuddur. Məsələn, Propolis DN-dən arıçılıq məhsullarına allergiyası olan şəxslər istifadə edə bilməz. Məlumat üçün qeyd edək ki, arıçılıq məhsullarına-bal, mum, bərəmum, arı südü, arı zəhəri daxildir.

İxtiol şamı
Bu şamlar antiseptik təsirə malikdir. Həmçinin ağrıkəsici effekti də mövcuddur. Anus ətrafındakı iltihabi prosesi aradan götürmək üçün babasil müalicəsində qeyri-steroid iltihabəleyhinə dərmanlarla birlikdə təyin edilir.

Çaytikanı şamı
Dərman preparatının tərkibinə çaytikanı özəyi (ekstraktı) daxildir. Təbii preparat olduğundan bu şamı hamilələr və uşaqlar istifadə edə bilər. Anal çat hallarında bərpaeedici təsirə malikdir. Babasil qaşınması, qıcıqlanma kimi şikayətləri aradan götürür.

Anuzol
Münasib qiymətinə və kompleks təsirinə görə babasil üçün ən yaxşı şam kimi qabaqcıl sıralarda dayanır. Əsas komponentləri xanımotu özəyi ekstraktı, bismut, sink oksid hesab olunur. Qanaxmanı dayandırır, ağrını kəsir, düz bağırsağın selikli qişasını qoruyur.

Posterizan
Tərkibinə bağırsaq çöpünün antigeni və metabolitləri (maddələr mübadiləsi məhsulları) daxildir. Bu maddələr düz bağırsağın selikli qişasına nüfuz etməklə, toxumaların zərərli mikroorqanizmlərə qarşı müqavimətini artırır. Kəskinləşmə mərhələsində babasil əlamətləri – anal nahiyədən ifrazat, qaşınma, göynəmə hissi zamanı təyin edilir. Uşaqlara əks göstərişdir.

Prokto-qlivenol
Xarici və daxili babasilin müalicəsində tətbiq edilən kompleks təsirə malik vasitələrdən biridir. Prokto-qlivenol kapilyar keçiriciliyini azaldır, qan və limfa dövranını yaxşılaşdırır, venotonik təsirə malikdir. İltihabəleyhinə, ağrı kəsici, ödemi (şişkinliyi) azaldan təsirlərinə görə babasil üçün ən yaxşı şam sırasına daxil etmək olar. Lakin əksər dərmanlar kimi bu vasitənin də əlavə təsirləri mövcuddur və istifadə etməzdən öncə proktoloq həkimlə məsləhətləşmək lazımdır.

Proktozan şamı
İltihabəleyhinə, yara sağaldıcı, ağrıkəsici təsirə malik kompleks vasitədir. Bir neçə əks göstərişi və əlavə təsiri olduğuna görə istifadədən öncə mütləq həkiminizdən soruşun.

Hepatrombin H şamı
Şamın tərkibinə: heparin, lauromakroqol, prednizolon daxildir. Venasklerozlaşdırıcı, antibakterial, iltihabəleyhinə, antiallergik təsirləri mövcuddur. Babasil düyünündə tromb əmələgəlmənin qarşısını alır. Ağrını azaldır. Müalicə kursu maksimum 7 gündür. Bu müddət ərzində müsbət nəticə müşahidə edilməzsə, həkim digər preparat təyin etməlidir.

Relif şamı
Babasil düyünlərindən və şikayətlərdən azad olmaq məqsədilə bu tip şamlardan istifadə edilir. Relif adı altında bir neçə seriya buraxılır. Şamın əsas aktiv maddəsi akula qaraciyəri yağıdır. Yara sağaldıcı, immunstimulyator (yerli immun sistemi gücləndirən), iltihabəleyhinə təsirlərə malikdir. Şamın aşağıdakı buraxılış seriyaları var:

• Relif – qaşınmanı və şişkinliyi azaldır;
• Relif Advans – ağrı kəsici təsirlidir;
• Relif ultra – antiallergik və iltihabəleyhinə təsir göstərir.

Nigepan şamı
Hepatrombin H-ın analoqudur. Tərkibindəki aktiv maddə – heparindir. Ağrı və qaşınma ilə mübarizə aparır, göynəmə və qıcıqlanmanı azaldır. Mövcud trombların böyüməsinin qarşısını alır.

Proktosedil M şamı
Ağrını azaldır, qaşınmanı götürür. Tərkibində geniş spektrli antibiotik mövcuddur, kapilyar kövrəkliyini azaldır. Kompleks dərman preparatı olmasına baxmayaraq, kifayət qədər əks göstərişi və əlavə təsirləri mövcuddur. Həkim məsləhəti olmadan ondan istifadə etmək olmaz. Hamilələr və uşaqlara əks göstərişdir.

Neo – Anuzol
Bir neçə təsirə malik qarışıq tərkibli şam dərin anal çatlarda tətbiq edilir. Düz bağırsaqda qalaraq tədricən təsir edir. Patogen mikrofloranın çoxalmasının qarşısını alır. Dozalanma qaydası mütləq həkim tərəfindən təyin edilməlidir. Bu şamdan yalnız müalicə deyil, profilaktik məqsədilə də istifadə oluna bilər.

Ultraprokt
Ağrı sindromu və qaşınmanı aradan qaldırır. Əsas təsir maddəsi fluokortolon və sinkoxaindir. Əlavə olaraq tərkibinə gənəgərçək yağı daxildir. Hormonal preparat olduğundan həkimlər tərəfindən çox ehtiyatla, yalnız vacib göstərişlər əsasında təyin edilir.

SAM (формат файла) – Słupy Małe

Карта выравнивания последовательностей (SAM) – это текстовый формат, изначально предназначенный для хранения биологических последовательностей, выровненных с эталонной последовательностью разработан Хенг Ли и Бобом Хэндсакером и др. Он широко используется для хранения данных, таких как последовательности нуклеотидов, сгенерированных технологиями секвенирования следующего поколения, и этот стандарт был расширен за счет включения неотмеченных последовательностей. Формат поддерживает короткие и длинные чтения (до 128 Мбит / с), производимые различными платформами секвенирования, и используется для хранения сопоставленных данных внутри и между Broad Institute, Wellcome Sanger Institute, и во всем 1000 Genomes Project.

• 1 Формат
• 2 Описание
• 3 Побитовые флаги
• 4 Необязательные поля
• 5 См. также
• 6 Ссылки

Формат

Формат SAM состоит из заголовка и секции выравнивания. Двоичным эквивалентом файла SAM является файл Binary Alignment Map (BAM), в котором те же данные хранятся в сжатом двоичном представлении. Файлы SAM можно анализировать и редактировать с помощью программного обеспечения SAMtools. Раздел заголовка должен предшествовать разделу выравнивания, если он присутствует. Заголовки начинаются с символа «@», который отличает их от раздела выравнивания. Разделы выравнивания имеют 11 обязательных полей, а также переменное количество дополнительных полей.

Столбец	Поле	Тип	Краткое описание
1	QNAME	Строка	ИМЯ шаблона запроса
2	ФЛАГ	Int	побитовый ФЛАГ
3	RNAME	Строка	Ссылки последовательность ИМЯ
4	POS	Int	Крайнее левое отображение на основе 1 POSition
5	MAPQ	Int	MAPping Quality
6	CIGAR	Строка	Строка СИГАР
7	RNEXT	Строка	Ссылка. имя сопряжения / следующее чтение
8	PNEXT	Int	Положение сопряжения / следующее чтение
9	TLEN	Int	наблюдаемый шаблон LENgth
10	SEQ	Строка	сегмент SEQuence
11	QUAL	Строка	ASCII базового уровня с масштабированием по Phred. QUALity + 33

Описание

1. QNAME: ИМЯ шаблона запроса. Считается, что операции чтения / сегменты с одинаковым QNAME происходят из одного и того же шаблона. QNAME “*” означает, что информация недоступна. В файле SAM чтение может занимать несколько строк выравнивания, когда его выравнивание является химерным или когда задано несколько отображений.
2. FLAG: комбинация побитовых флагов
3. RNAME: имя эталонной последовательности выравнивание. Если присутствуют строки заголовка @SQ, RNAME (если не «*») должен присутствовать в одном из тегов SQ-SN. Непоказанный сегмент без координат отмечен знаком «*» в этом поле. Однако неотмеченный сегмент также может иметь обычные координаты, так что его можно разместить в желаемой позиции после сортировки. Если RNAME – «*», нельзя делать никаких предположений относительно POS и CIGAR.
4. POS: крайнее левое отображение на основе 1 POSition первой совпадающей базы. Первая база в эталонной последовательности имеет координату 1. POS устанавливается как 0 для неотображенного чтения без координат. Если POS равен 0, нельзя делать никаких предположений относительно RNAME и CIGAR.
5. MAPQ: MAPping Quality. Он равен −10 log10 Pr , округленное до ближайшего целого числа. Значение 255 указывает, что качество сопоставления недоступно.
6. CIGAR: Строка краткого идиосинкратического отчета о выравнивании с промежутками (CIGAR).
7. RNEXT: имя эталонной последовательности первичного выравнивания NEXT, считываемого в шаблон. Для последнего чтения следующее чтение – это первое чтение в шаблоне. Если присутствуют строки заголовка @SQ, RNEXT (если не «*» или «=») должен присутствовать в одном из тегов SQ-SN. Это поле устанавливается как «*», когда информация недоступна, и как «=», если RNEXT совпадает с RNAME. Если не ‘=’ и следующее чтение в шаблоне имеет одно первичное отображение (см. Также бит 0x100 в FLAG), это поле идентично RNAME в первичной строке следующего чтения. Если RNEXT равен «*», никакие предположения не могут быть сделаны для PNEXT и бита 0x20.
8. PNEXT: Позиция первичного выравнивания NEXT, считанного в шаблоне. Установите 0, если информация недоступна. Это поле равно POS в основной строке следующего чтения. Если PNEXT равен 0, никакие предположения не могут быть сделаны для RNEXT и бита 0x20.
9. TLEN: наблюдаемая длина шаблона со знаком. Если все сегменты сопоставлены с одной и той же ссылкой, наблюдаемая длина шаблона без знака равна количеству оснований от самой левой сопоставленной базы до самой правой сопоставленной базы. Крайний левый сегмент имеет знак плюс, а крайний правый – знак минус. Знак сегментов посередине не определен. Устанавливается как 0 для односегментного шаблона или когда информация недоступна.
10. SEQ: SEQuence сегмента. В этом поле может быть «*», если последовательность не сохранена. Если не «*», длина последовательности должна равняться сумме длин операций M / I / S / = / X в CIGAR. Знак «=» означает, что база идентична справочной базе. Невозможно сделать никаких предположений о регистрах букв.
11. QUAL: ASCII базового КАЧЕСТВА плюс 33 (то же, что и строка качества в формате Sanger FASTQ ). Базовое качество – это вероятность ошибки по основанию с масштабированием по phred, которая равна -10 log10 Pr . В этом поле может быть «*», если качество не сохраняется. Если не ‘*’, SEQ не должен быть ‘*’, а длина строки качества должна быть равна длине SEQ.

Поразрядные флаги

Поле FLAG отображается как одно целое число, но представляет собой сумму побитовых флагов для обозначения нескольких атрибутов выравнивания чтения. Каждый атрибут обозначает один бит в двоичном представлении целого числа.

Поразрядные флаги

Целое число	Двоичное	Описание (парная интерпретация чтения)
1	000000000001	шаблон, имеющий несколько шаблонов в последовательности (чтение парное)
2	000000000010	каждый сегмент правильно выровнен в соответствии с выравнивателем (чтение отображается в правильной паре)
4	000000000100	сегмент не отображен (чтение1 не отображено)
8	000000001000	следующий сегмент в шаблоне не отображен (чтение2 не отображено)
16	000000010000	SEQ с обратным дополнением (чтение1 с обратным дополнением)
32	000000100000	SEQ следующего сегмента в шаблоне с обратным дополнением (чтение2 с обратным дополнением)
64	000001000000	первый сегмент в шаблоне (читается1)
128	000010000000	последний сегмент в шаблоне (читается2)
256	000100000000	не первичный выравнивание
512	001000000000	выравнивание не проходит проверку качества
1024	010000000000	ПЦР или оптический дубликат
2048	100000000000	дополнение ry выравнивание (например, зависит от выравнивателя, может быть частью разделенного чтения или связанной области)

Атрибуты FLAG суммируются для получения окончательного значения, например строка SAM, полученная в результате записи FASTQ с парным концом Illumina, имеющей значение FLAG 2145, будет означать:

Значение флага	Значение	Считывание суммы флагов
1	спарено	1
32	чтение2 было обратным дополнением	33
64	чтение1	97
2048	Дополнительное выравнивание	2145

Необязательные поля

Тип может быть одним из A (символ), B ( общий массив), f (действительное число), H (шестнадцатеричный массив), i (целое число) или Z (строка).

Тег	Тип	Описание
AM	i	Наименьшее качество отображения, не зависящее от шаблона, в шаблоне
AS	i	Оценка выравнивания, генерируемая выравнивателем
BC	Z	Последовательность штрих-кода, идентифицирующая образец
BQ	Z	Смещение к качеству выравнивания оснований (BAQ)
BZ	Z	Качество Phred уникальных оснований молекулярного штрих-кода в теге OX
CB	Z	Идентификатор ячейки
CC	Z	Ссылочное имя следующего попадания
CG	B, I	только BAM: СИГАРА в двоичной кодировке BAM, если (и только если) она состоит из>65535 операторов
CM	i	Изменить расстояние между последовательностью цветов и эталоном цвета (см. также NM)
CO	Z	Текстовые комментарии
CP	i	Крайняя левая координата следующего попадания
CQ	Z	Базовые качества считывания цвета
CR	Z	Базы последовательностей штрих-кодов сотовой связи (нескорректированные)
CS	Z	Последовательность считывания цветов
CT	Z	Тег аннотации полного считывания, используемый для согласования фиктивные функции аннотации
CY	Z	Качество Phred последовательности сотового штрих-кода в тег CR
E2	Z	Второй наиболее вероятный вызов базы
FI	i	Индекс сегмента в шаблоне
FS	Z	Суффикс сегмента
FZ	B, S	Интенсивности сигналов потока
GC	?	Зарезервировано для целей обратной совместимости
GQ	?	Зарезервировано для соображений обратной совместимости
GS	?	Зарезервировано для соображений обратной совместимости
H0	i	Количество точных совпадений
H1	i	Количество совпадений с 1 разницей (см. Также NM)
H2	i	Количество совпадений с двумя разностями
HI	i	Индекс совпадений по запросу
IH	i	Общее количество совпадений запроса
LB	Z	Библиотека
MC	Z	Строка CIGAR для сопряжения / следующего сегмента
MD	Z	Строка для несовпадающих позиций
MF	?	Зарезервировано для целей обратной совместимости
MI	Z	Молекулярный идентификатор; строка, которая однозначно идентифицирует молекулу, из которой была получена запись
MQ	i	Качество сопоставления сопряжения / следующего сегмента
NH	i	Количество сообщенных выравниваний, содержащих запрос в текущей записи
NM	i	Изменить расстояние до ссылки
OA	Z	Исходное выравнивание
OC	Z	Исходная СИГАРА (устарело; вместо этого используйте OA)
OP	i	Исходное положение сопоставления (не рекомендуется; вместо этого используйте OA)
OQ	Z	Исходное качество основы
OX	Z	Оригинальные уникальные молекулярные основы штрих-кода
PG	Z	Программа
PQ	i	Вероятность Phred шаблона
PT	Z	Чтение аннотаций для частей дополненной последовательности чтения
PU	Z	Платформа
Q2	Z	Качество Phred последовательности сопряжения / следующего сегмента в теге R2
QT	Z	Качество Phred выборки последовательность штрих-кода в теге BC
QX	Z	Оценка качества уникального молекулярного идентификатора в теге RX
R2	Z	Последовательность сопряжения / следующего сегмента в шаблоне
RG	Z	Группа чтения
RT	?	Res зарезервировано по причинам обратной совместимости
RX	Z	Основания последовательности (возможно скорректированного) уникального молекулярного идентификатора
S2	?	Зарезервировано для целей обратной совместимости
SA	Z	Другие канонические выравнивания в химерном выравнивании
SM	i	Качество отображения, не зависящее от шаблона
SQ	?	Зарезервировано для целей обратной совместимости
TC	i	Количество сегментов в шаблоне
U2	Z	Вероятность второго вызова Phred быть неправильным при условии, что лучший вариант неправильный
UQ	i	Вероятность Phred сегмента, при условии правильности отображения
X?	?	Зарезервировано для конечных пользователей
Д?	?	Зарезервировано для конечных пользователей
Z?	?	Зарезервировано для конечных пользователей

См. Также

• Формат FASTA, используемый для представления последовательностей генома
• Формат FASTQ, используемый для представления ДНК секвенсор считывает вместе с показателями качества
• формат (формат вариации генома), расширение, основанное на формате GFF3